故事以忍术学园一年叶班土井老师失踪事件为主线，描绘忍者学员与毒竹忍者队军师天鬼的智斗交锋，融合严肃时代背景与幽默元素。影片改编自小说《小说 落第忍者乱太郎 毒竹忍者队最强的军师》，延续原作角色设定及羁绊主题，并加入动作场面。导演藤森雅也继2011年剧场版后时隔13年再次执导该系列。